《最终幻想》的成功无疑让SQUARE大为振奋，虽然此时的FF与《勇者斗恶龙》之类顶级作品相比只能算二线游戏，但坂口博信的电影化游戏理念显然已经为市场所认可。经过两年多时间对于FC机能的摸索以及FF1开发的宝贵经验，SQUARE的工作小组更加坚定了要把"最终幻想"打造成比肩DQ的终极大作的信念。

在一个遥远的世界，长久以来的和平正遭到破坏。
这是因为帕拉美奇亚帝国皇帝从魔界召来了大批怪物。
他们在大地上肆意屠杀，妄图征服世界。
为了对抗浩劫，菲因王国建立起了反抗力量。
代表正义的人们与敌人浴血奋战。
但是在帝国军队的强大攻势下，菲因城失守了。

　　四个菲因城的少年必须要撤到亚鲁迪阿镇，他们的亲人在战争中被帝国军杀害了，现在有许多敌人在后追击着……

　　据说"最终幻想"的奇数作注重系统，而偶数作则偏重情节。这一现象从《最终幻想 II》中或许就已经开始了。游戏更加注重情节元素，故事发展波澜壮阔曲折离奇。悲剧性元素贯穿游戏始终，故事中充满着生离死别的场景，对于人物性格的刻画也相当细腻。剑与魔法的世界和高科技结合的时代设定也成为往后FF世界观背景的基准。另外游戏在系统方面也有极大的创新，游戏中完全取消经验值设定而以熟练度系统代之，每类武器使用次数越多，该类武器的熟练度就越高，对敌伤害越大，而魔法亦然。这样的设定对于RPG而言可以说是相当的另类，同时也体现了坂口博信不断突破的欲望。

　　《最终幻想 II》为其后的FF系列奠定了基础。角色和情节发展也就是从这一作开始成为FF的重点所在。另外还有一些有趣的小设定一直沿用至今。例如每款作品中总会出现的一些名字如Lionheart、飞空艇船长Cid等；SQUARE吉祥物"陆行鸟"就是在《最终幻想II》中首次登场。海中巨兽Leviathan在该作中也以怪物形态首次亮相，另外"终极"、"流星"等FF史上经典魔法也是在该作中开始出现。

　　《最终幻想 II》的发售扩大了SQUARE的战果，其最后的销量达到了76万套。并一举获得了1988年度最佳剧本奖、1989年度最佳电子游戏和1989年度最佳RPG奖三项大奖。可以说《最终幻想II》虽然没有突破一百万的白金销量，但却为其后FF3的热卖打下了坚实的基础。SQUARE在这一年度保持了相当高的创作激情与灵感，88年12月2日发售的《半熟英雄》可以说是由始至终贯穿着无穷想象力的作品。负责该作开发的时田贵司就是从这款作品开始受到注意，并在往后的FF4、《超时空之轮》、《寄生前夜》等作品创作中大放异彩。《半熟英雄》是一款融合RPG与SLG要素的搞笑之作，与FF的严肃主题形成鲜明对比，该作的PS2版新作也将在今年正式发售了。

　　89至90年，FC步入晚年时期，NEC与世嘉接连发布了16位元主机，而任天堂传说中的16位元SFC主机也蓄势待发。如何在这样一款机能已经十分落后的主机上推出划时代意义的作品成为SQUARE面对的最大课题。鉴于此，SQUARE再次倾全社之力打造《最终幻想 III》。在这两年间，除了为任天堂刚发布的GB制作了一款延伸自FF的作品《魔界塔士 SA·GA》之外，几乎没有作品问世。而外界在经过了FF前两作以及权威机构的认可之后，对于这款叫作"最终幻想"的作品也有了很大的兴趣。再加上SQUARE对于《最终幻想 III》的大量宣传，该作发售前已经成为日本玩家最期待的游戏之一。

　　90年4月27日，《最终幻想 III》正式发售。尽管售价高达8400日元，该作还是获得了空前的热烈市场回应，最终销量达140万套，SQUARE也因此成为任天堂主力软件提供商之一而备受权利金优惠待遇。《最终幻想III》在品质方面确实达到了FC游戏的颠峰，堪称奇迹的4M+64K大容量（在当时FC上多为一些容量仅64K的游戏）、突破FC机能极限的画面和音乐表现、更加成熟的系统和情节设定、更强的游戏性……《最终幻想III》使得FF真正迈入了的顶级大作的行列。

大地震将水晶拖入了地下，无数的怪兽被放出。 四个乌鲁村的年轻人掉进洞中并发现了风之水晶的神殿。 "你们已经被选为光之战士，重建光明和黑暗的平衡吧！这是你们的宿命。" 水晶说。 在同许多恶魔战斗之后，他们获得了一架飞空艇并且离开了所在的漂浮大陆。 这时整个世界都被水淹没。 在艾莉亚和水之水晶的帮助下，洪水退去了。 之后他们登上了水晶之塔并且见到了撒旦，一位被对力量的渴望腐蚀的强大魔法师。 谣传撒旦是世界动乱的根源。 然而在打败他之后 英雄们发现在背后还有更强大的黑暗之云……

　　FF3在系统上的最大贡献就是加入了"最终幻想"的招牌--召唤兽系统。另外职业系统也在该作中得以强化，水晶与转职系统的结合使得游戏型直线上升，得到的水晶越多，所能转的职业也就越多。总共22种不同职业选择让人兴奋不已。陆行鸟之外的又一宠物"莫古"也在该作中首次登场。游戏中还有一个十分有趣的小秘密：在一个叫作吉萨的偏远小镇中一个隐藏房间中人会带领玩家进入"程序员房间"，在这里玩家可以与FF的游戏设计师和程序员交谈，而其中一人还会说："我们等待你的来信--史克威尔开发小组"，用这样的方式与玩家互动实在是非常的新鲜，也体现了SQUARE员工恶搞的丰富想象力。

　　同年史克威尔还制作了GB版的《沙加2·密宝传说》，该系列也逐渐成长为SQUARE社内的三大RPG系列之一。