步入九十年代后，IT行业开始飞速发展，各项核心技术的突破性进展使硬件机能开始突飞猛进。人们已经很清楚的看到视频游戏的前景，游戏产业进入成熟期。任天堂SFC尽管取得了巨大的成功，然而也不可避免的进入了晚年。一向注重技术开发的SQUARE在这方面当然不会落于人后。虽然表面上仍然保持与任天堂的密切关系，此时的SQUARE事实上正在秘密研究索尼即将发布的PlayStation主机上游戏开发。当然由于未来局势还很不明朗，SQUARE社内的主要精力还是集中于SFC《最终幻想VI》的开发。

　　1994年4月2日，《最终幻想VI》在广大FF迷的期待下正式发售了。尽管次世代主机的相继公布已经让人们看到了新时代游戏的风采，《最终幻想VI》的品质还是让人们极为震撼。无论在画面还是音效上，《最终幻想VI》可以说达到了2D游戏的颠峰水准，其品质比刚公布的一些次世代主机上游戏更加优秀。作为SFC上的首个24MB游戏，FF6可以说榨干了SFC的所有机能。其在音乐效果方面的惊人表现，让一些玩家奉之为史上最优秀电子游戏音乐。一些老玩家对于该作也是感情深厚，至今仍尊其为FF史上最出色作品。

1000年前"魔大战"摧毁了一切，"魔法"从世界上消失。 人们用机械的力量将世界再生了。 凯斯特拉帝国用失去的魔法与机械组合统治了世界，在与其相对抗的是以利达那为首的势力。 战争局势因为魔法少女天娜的出现而改变。 为阻止凯斯特拉的暴政，主人公们向幻兽寻求帮助，但被魔导师基夫卡阻扰，并导致世界的崩溃。 基夫卡和他城堡顶上的光之审判统治着世界。 分散到世界各地的英雄们再度走到一块，他们向基夫卡的城堡发动了最后的攻击……

　　可以毫不夸张的说，《最终幻想VI》在剧本上的复杂性方面绝非以往的RPG所能比拟。深邃的剧情、完整而独具特色的角色性格--发展到FF6，《最终幻想》已经真正走到了颠峰状态。从该作的各方面表现也可以看出，史克威尔的市场定位已经转向高年龄层玩家。在FF6中出现的自杀、早孕、精神扭曲等成人化问题以及对于人物心理的细致描写已经不是低龄玩家所能理解。FF6中出现的一些经典角色和场面直到现在仍留给人们深刻印象，史上最具个性的反派角色基夫卡、最痴情的男子洛克、表面敌对却手足情深的费加罗兄弟……FF6中一个个性格丰满的人物让人回味无穷。

　　尽管更加注重剧情，《最终幻想VI》在游戏性反面也很值得称道。召唤兽数量达到了惊人的27个，让玩家们欣喜若狂。凝聚着幻兽之力的魔石系统取代了以往的水晶系统。游戏通过角色装备魔石来战斗，并可学习到魔石里隐藏的魔法乃至召唤幻兽。该作的游戏时间达到了40－50个小时。不过也有一些玩家抱怨游戏难度实在太低，事实上这也是部分由于史克威尔的先见之明，后来界定的较少接触游戏的所谓"Light User"用户群早在此时就已经被SQUARE所重视。《最终幻想VI》日本销量262万套，其在美国发售时也获得了81万套的佳绩，为其后FF7的全球大热卖打下了基础。（附带一提的是，由于DQ系列基本上没有在国外发售，FF6两地343万的总计销量已经开始超过DQ6日本320万套的成绩。）

　　进入94年之后，无论在技术力还是影响力方面，史克威尔已经位列业界之颠。ENIX与SQUARE的走向在很大程度上将直接关系到业界的格局。这一年也是次世代主机风起云涌之时。世嘉公布了32位元主机土星SS，NEC与索尼的次世代主机也纷纷公布，业界更新换代的暗潮涌动，任天堂与NAMCO为主的一些第三方厂商关系恶化。由于史克威尔在PSX软件开发上花费了大量的人力物力和财力，任天堂私下放弃该平台的行为将使得史克威尔的努力付诸流水，这对于各大不知情的开发商而言无疑是一种欺骗。当时史克威尔的社长前往京都拜访任天堂社长山内溥，希望其与索尼合作而不要轻易放弃PSX，然而却遭到了山内的断然拒绝。一气之下SQUARE开始与索尼秘密来往，一方面其主力仍然为SFC上游戏的开发，另一方面也开始了PS主机机能的研究。

　　1994年12月3日，索尼PlayStation正式发售。利用任天堂早前对于PSX机能的大力鼓吹，以及索尼对于各大厂商的笼络，再加上索尼自身庞大的营销网络和强势宣传，PS首批30万台出货被一抢而空。PS首批23款游戏的豪华阵容也让人们看到了其不凡的实力。对于SQUARE而言PS确实也是一个很好的选择，在市场定位上索尼更加偏重高年龄层玩家，并且积极拓展一些从未玩过游戏的非玩家市场群体，这与SQUARE的理念也十分吻合。另外索尼对于各大厂商的态度也十分友好，类似SQUARE这样的业界明星更是积极笼络。94年底，SCE对SQUARE进行试探性接触，希望其辅助开发一款能够体现PS机能的RPG，一向乐于挑战高水准游戏的SQUARE欣然接受。史克威尔与索尼的此次合作可以说很大程度上促成了其加入PS阵营的决定。SQUARE在着手FF7制作之时曾先期制作了FF6人物3D模型为主角的小游戏，在当时其就发现在N64有限的卡带容量下，要实现全屏CG动画等理想效果几乎不可能。95年8月洛杉矶的CG展上，SQUARE曾首次展出了FF7角色画面，在当时所有人都认为这就是在N64上的运行效果。事实上SQUARE在这时已经产生了脱离任天堂之意。在接受索尼委托之后，SQUARE惊讶的发现在PS上制作游戏简单轻松，而且可以很大程度上实现其对于FF7的构想，这才是其一直以来所期待的主机。

　　由史克威尔社内C-CRAFT小组协助开发的SCE第一RPG《妖精战士》于1995年7月15日正式发售。尽管流程稍短，这款号称"电影RPG"的游戏真正展现了次世代游戏的风采。在该作的结尾STAFF中赫然出现了"鸣谢SQUARE提供技术提携"的字样。SQUARE的这一行为明显引起了任天堂的极度不满。这家以傲慢小气著称的京都百年老铺立刻做出了报复行为，在SQUARE的一些作品发售上大作手脚。年末Square投入大量精力财力制作的SRPG《圣龙传说》预定首批出货90万套，负责销售的任天堂出乎意料的打破以往分阶段行销的惯例一下子把手中所有软件都全数抛给初心会成员，一下子涌出的90万本《圣龙传说》造成了零售商恐慌性抛售，导致该游戏在市场只卖到980日元的贱价，Square因此亏损34亿日元。任天堂的本意是借由此举杀鸡儆猴，对史克威尔以及其它一些第三方厂商起到警示作用。然而结果却与其初衷背道而驰，任天堂极不成熟的处理方式最终导致了新一代霸主SCE的诞生。

　　由于《圣剑传说3》、《圣龙传说》等大作的惨败，SQUARE陷入了财务窘境。SCE极为精明的在此时施以援手，并与其达成了秘密合作协议。尽管在私低下已经酝酿着剧变，濒死的SFC在这一年还是焕发出了惊人的光芒。由于已经意识到第三方厂商们叛逃的危机，任天堂开始放松SFC软件审核体系，而各软件商也因为局势的不明朗，也纷纷在SFC上推出看家大作以获得喘息余地。这一年SFC上的软件阵容之强令人惊愕。SQUARE与ENIX破天荒的合作开发了RPG巨作《超时空之轮》，这款梦幻般制作阵容强力打造的作品众望所归的获得了235万套的销量（该作集合了SQUARE与ENIX社内的超级精英，坂口博信、崛井雄二、鸟山明、光田康典、植松伸夫等的强强合作至今仍传为美谈）；同年末NAMCO"突破32MB容量极限"的SFC究极大作《幻想传说》发售，这款48MB大容量的作品在技术上甚至超越了《最终幻想VI》。

　　1996年1月31日，SQUARE在东京召开大型发布会，坂口博信当场宣布加入PS软件开发阵营，并在会场上公布了《最终幻想VII》的演示片。史克威尔的这一举动可以说直接导致了任天堂第三方阵容的崩溃，并预告着业界新时代的来临。任天堂的股价也在次日急剧下挫7％以上。早前还在持观望态度的各大第三方厂商从此纷纷向SCE靠拢，PS时代的来临已经势不可挡。同年，PS降价、真正电影化游戏《生化危机》发售，而SQUARE已经酝酿多时的《最终幻想VII》也在悄悄的逼近……