99年大批软件的失利以及FF8的成功，使SQUARE的经营方向更加倾注于FF系列。2000年1月底，史克威尔千禧祭隆重举办。在会场上SQUARE一口气公布了三款FF，分别是夏季登场的《最终幻想IX》、PS2上的《最终幻想X》以及网络版的《最终幻想XI》。Playonline计划就是在该会场上首次公布，这是史克威尔向网络游戏新领域的全新挑战，而其中的重头戏就是《最终幻想XI》。
2000年3月4日，日本平成12年3月4日。索尼再度巧妙利用数字组合发售了Playstation 2。PS2发售前后日本游戏业界再度处于火热状态。2月中旬，SCE网络商店刚接受玩家预定时，即刻因为登录人数太多发生严重网络堵塞。PS发售后三天内即创下98万台销售记录。这台新霸主的诞生也宣告着PS时代的终结。正如SFC一样，PS在寿终正寝之时焕发了最后的惊人光芒。日本两大RPG同年登场，《最终幻想IX》7月7日发售，《勇者斗恶龙VII》8月26日震撼降临。

　　亚历山大王国的布拉妮王后挑起了与领国的战争，为了找出事情的真相，她的女儿嘉内德自动接受了杰丹等人的盗贼团的绑架。最后他们发现原来王后受到了男巫库加的控制，他希望利用召唤兽控制盖亚世界。而作为召唤士的嘉内德自然成为其眼中钉。这个由盗贼团组成的队伍很快发现，库加原来是加兰的下属。加兰来自异世界泰拉，他控制着盖亚大陆上的灵魂薄雾，并想借此力量帮助泰拉在盖亚世界中的复兴。极具野心的库加背叛了加兰，并开始实施其邪恶计划。最后，杰丹一行打败了库加和终极怪兽Necron，泰拉的居民最后也得以在盖亚大陆和平定居。

　　事实上在FF8开发之时，SQUARE社内也同时开始了FF9的策划。然而这两款游戏却有着天壤之别，FF8是一款完全突破传统的游戏，而FF9的主题却是回归原点。FF9回到了FF6以前的风格，游戏的主题又回到了水晶、古老的职业系统再次回归、人物造型再度回归Q版、人物设定方面也由天野喜孝重新执笔，在画面风格上更是象极了FF7，总体来说FF9是对系列游戏的一次回顾。在情节上，FF9在给人一种轻松感觉的同时也始终带着点酸酸的味道，感动人于细微隐约之处--史克威尔的煽情手法在该作中已经成熟到不留痕迹的地步。在游戏系统方面，除回归的职业系统外，"必杀技"系统也被"环境"系统所取代。角色可以在日常对话中聚攒怒气，并在战斗中爆发出来，"怒"维维可以在战斗中一回合使用两次魔法，而 "怒"杰丹的攻击力可以指数级上升；另外水晶系统再次出现取代了魔石系统；在画面方面，由于FF8基本上已经将PS机能推向极限，FF9上基本上没有太大的进化，不过在一些细微方面的特效还是可以看出史克威尔精益求精的制作精神。

　　同99年一样，2000年的史克威尔同样没有太大作为。松野泰己的《放浪冒险谭》虽然成为FAMITSU史上第三款满分游戏，但在当时25万套以及最终45万套的销量实在是令人失望；PS2上的首款大作《保镖》预期销量300万套，最终却以30万套的惨淡销量收场。SQUARE在这段时间里的游戏确实是缺少真正大作的风采，《放浪冒险谭》虽然游戏性一流，却缺乏吸引人的刺激性元素；《保镖》画面上华丽至极，本质上却极为苍白存在诸多不足，无法让人投入游戏。这段时间里SQUARE游戏品质不高的主要原因是正在同时进行的重点大型项目实在太多，电影版《最终幻想：灵魂深处》占用了SQUARE的大批精英，另外PS2《最终幻想X》、网络版《最终幻想XI》都在紧张制作中，维系这些作品高额制作费用的就是FF9带来的高额利润。FF9在7月7日正式发售，虽然PS市场已经开始萎缩，FF9的出现还是极大刺激了市场活力。该作首批出货26万套，最终销量279万套，在海外也取得了219万套的成绩。尽管8月26日《勇者斗恶龙VII》的发售造成了更大的轰动，最终创造了国内411万套的惊人成绩。然而其在海外市场上几乎没有影响力，而且DQ7的骄人成功在很大程度上是拜其漫长的制作时间所赐，玩家们长达五年的漫长等待在PS晚期被推向了极至。如果仔细衡量几年来FF系列造成的持续社会效应，以及其在国外市场上的优异表现就可以看出，此时的FF事实上早已凌驾在DQ之上。2002年全日本出版机构评选的最有影响力15个游戏品牌中，"最终幻想"系列以将近DQ三倍的得票稳居榜首。

　　2000年史克威尔酝酿的最大计划就是电影版《最终幻想：灵魂深处》。一月，SQUARE公布了一张完全由电脑CG制作的人物面部图片，几乎与真人无异的表现令所有业界人士惊叹！SQUARE夏威夷分公司150位精英全力制作中的"FF电影版"走在了业界技术的最前沿，SQUARE将这些创作过程和相关资料列为社内"第一级机密"。

　　微软这位IT业所向披靡的骄子开始在游戏业掀起波澜，依靠"Microsoft"的金字招牌和手中数百亿的现今支持，微软开始大举拉拢游戏开发商。在日本影响力一等一的史克威尔自然首当其冲。由于经历了99年的失利以及2000年各大型项目的庞大支出，史克威尔开始逐渐陷入财务困境，而微软就在此时趁虚而入。2000年10月21日，《日本经济新闻》网站上爆出惊人消息，称"史克威尔正式加盟XBOX"。"日经新闻"报道说，史克威尔早在夏季之时就已经收到了微软配送的主机开发工具，而在当时就已经开始了XBOX版"最终幻想"的开发工具。在当时人们还相信FF11将同时发行PS2、PC以及XBOX版。尽管FF11的XBOX版最后还是泡汤，史克威尔的跨平台化发展趋势也在当时开始显露。

　　2001年2月8日，史克威尔宣布了有史以来的第一次亏损。三位高层全部降职，副社长坂口博信改任游戏中心执行制作主管。史克威尔这次出现的亏损主要由于FF10、FF11以及FF电影版三大项目的巨额支出，此时的史克威尔已经将身家性命完全押在了7月份推出的《最终幻想X》以及《最终幻想：灵魂深处》。总投资一亿五千万美元的《最终幻想：灵魂深处》确实肩负着史克威尔太多的期望。在电影公映之前，史克威尔曾几度公布电影预告片。完全好莱坞式的风格、绝对具有突破性意义的画面表现，《灵魂深处》引起了关于虚拟偶像与真人演员的广泛争论。当时几乎所有的媒体都认为该片将会获得极大的成功，权威电影杂志《好莱坞报道》甚至断言该片在上映后必将成为新一轮的票房冠军。

　　就在各方的热烈期待下，史克威尔与哥伦比亚影业公司合作的《最终幻想：灵魂深处》在7月13日正式上映。充满期待的观众们却失望的发现，《灵魂深处》情节老套拖沓且莫名其妙，影片确实很难调起玩家的兴趣。该片上映三周后的总票房3020万美元，可以说是败得惨不忍睹。该片业成为史克威尔史上最失败的一次投资，不仅巨额的开发费用无法回收，由于该片占用了史克威尔内部大批资源，在2001年度该社内除FF10外几乎没有什么作品发售。2001年史克威尔净亏损达165.5亿日元，要是没有其后《最终幻想X》的大热卖以及索尼的扶持，SQUARE必将陷入无法自拔的财务困境。

　　不知是对电影投资的毫无经验的矜持，还是希望达到电影与游戏的相乘效果。总之2001夏季的第一大作《最终幻想X》就在电影放映的一周之后于日本时间7月19日正式发售。正如PS上的FF7一样，PS2上的FF10同样具有革命性意义的突破，正如四年之前一样，人们都迫切的想知道次世代Playstation上的"最终幻想"到底是什么样子的。游戏发售当天，日本新宿、涉谷以及秋叶原的重地的排队热潮达让人感叹，各游戏零售店前均排起了百人以上的长队。游戏首日出货达214万套，店头消化率近90％，成为PS2上首个突破200万套销量的游戏。考虑到业界整体情况以及当时PS2的普及率，这样一个发售成绩可以说十分的惊人。《最终幻想X》最终日本销量274万套，总销量548万套。

　　一千年前贝贝鲁与札那尔港多之间发生了一场浩大的战争，贝贝鲁人利用先进的科技打败了以召唤术为武器的札那尔港多人。幸存者们用全部的剩余力量召唤出了幻之札那尔港多，以使这一文明在意念中延续。而他们的最高召唤师则用生命召唤了辛，辛破坏了一切，直到被最高召唤师的女儿和女婿击败。浩劫后的斯皮拉大陆满目苍痍，贝贝鲁的高官们为了独占利益而创造了艾本教。一千年后身为召唤士的尤娜承担起了打败辛的宿命，而幻之札那尔港多的泰达也被奥隆拉到了现实的斯彼拉大陆，他将成为尤娜的守护者。

　　作为两年前的游戏，玩家们对于FF10应该都比较了解了。FF10真正展现了PS2上游戏应有的水平，在此之前PS2上一直缺乏真正意义上的大作，而由于开发商们对于PS2复杂的游戏开发环境一直颇有微词，该平台上的游戏表现甚至不如DC。正是FF10诞生之后PS2游戏才真正开始成熟。该作画面诠释上活用了PS2的机能，脸部表情刻画非常细腻，甚至有大量的电影式长镜头描写；场景方面虽然改为全3D，整体感觉却比以往的假3D背景更加精美。另外该作中也终于实现了真人配音，配音甚至与人物口型精确匹配，史克威尔细致的制作态度让人敬佩。系统方面，经典的ATB系统被CTB（Conditional Turn Based）系统所取代；召唤兽不再是类似魔法一样的一次性攻击，而成为取代玩家进行回合攻击的一员。原创晶球盘系统表面上比较复杂，不过掌握之后就可以更好的统揽全局了。

　　虽然FF10取得了巨大的成功，然而FF电影的惨败留给史克威尔的创痛实在太大。10月3日，索尼以每股1330日元的价格购入1120万股SQUARE股票，总投资达149亿日元。索尼因此获得了19％的股份成为SQUARE的第二大控股公司。虽然获得了宝贵的资金度过难关，SQUARE也因此失去了以往作为第三方厂商的自由身份，在重大问题决策上不得不受制于索尼那19％的决策权。尽管如此，在跨平台日益成为大趋势的当今业界，SQUARE的跨平台发展战略仍然迈开了坚决的步伐。