进入九十年代，电脑游戏真正发展为一个颇具规模的产业，战略游戏以及战争游戏自然也不例外。尽管战略游戏的分支之一即时战略游戏成为了该类型游戏的主力，并因此减缓了回合制战略游戏的发展速度，然而在这一时期依然有大量品质与销量俱佳的超大作问世。

首先引领新一代回合制战略游戏革命的就是席德·梅尔的《文明》（Civilization）。这款在1991年发售的巨作重新定义了回合制战略游戏，席德·梅尔在其后制作的《文明2》、《阿尔发人马座》、《文明3》等或许可以称为有史以来最为优秀的战略游戏。这种开放式结局、从零开始构筑文明的概念吸引了无数的FANS。不过也有不少玩家对于这款游戏并没有多大好感，因为这类游戏需要的游戏时间实在太长，普通玩家很快就会失去耐性。SSI在1997年发售了一款《帝国主义》（Imperialism），并在1999年推出了一款续作。这个游戏系列可以说是"文明"的简化版，其中仅覆盖帝国主义时代这一个时期。Strategy First的《欧陆文明》（Europa Universalis）系列（总共两款游戏）也采用了类似的概念，游戏讲述了整个欧洲以及新大陆的战争，时间跨度从圣女贞德时代一直到拿破仑时代大概三百多年。游戏销量相当出色，也证明了这类复杂的战略游戏依然有巨大的市场潜力。

在八十年代末、九十年代、以及二十一世纪初，所谓的"4X"一直都是空间战略游戏的默认规则。"Explore、Expand、Exploit、Exterminate"（探索、扩张、开发、消灭）代表着战略游戏的基本套路，SSG的《Reach for the Stars》就将这样一种概念完美的发挥。在这款游戏中玩家将要探索整个星系、开发星球、研究技术树，与新种族建立联系，并与那些不愿合作的种族开战。这款游戏取得了一定的成功，并因此衍生出一批克隆作品。1994年Microprose的《猎户座之王》以及两年后的《猎户座之王：安塔拉的逆袭》就是两个典型代表。此外，Logic Factory在1995年推出的《Ascendancy》、Malfador Machinations的"空间帝国"系列等都遵循着这样的套路阐释着空间战略游戏。Holistic的"危日帝国"（Emperor of the Fading Suns）系列中，玩家不仅可以探索、研发、以及进行星际大战，还可以直接在星球表面进行战争，并以各种魔法战斗。

谈到魔法战争，自然少不了《魔法门英雄无敌》（Heroes of Might and Magic）了。New World Computing在1995年发售了第一款"英雄无敌"，在游戏中玩家在一个巨大的地图上探索，四处搜寻宝物，并聚集各种资源。游戏中充满了浓厚的幻想风格，玩家的军队由各种兽人、游侠、龙等组成，战斗中也充满了各种华丽的魔法效果。当然《魔法门英雄无敌》并不是幻想风格回合制战略游戏的鼻祖，这一荣誉应当授予SSG的《战神》（Warlords），以及Microprose的《魔法之王》（Master of Magic）。不过这两款游戏在影响力上根本无法与"魔法门"相提并论，也正是因为M&M这个战略游戏的支系才得以发扬光大。九十年代这类游戏包括三款"魔法门"、Strategy First的《信徒》（Disciples）、God Games的《神奇时代》（Age of Wonder），另外在2001年底还有一款十分重要的作品《以太神魔录》（ Etherlords），该作融合了《魔法风云会》（Magic the Gathering）以及《魔法门英雄无敌》的特点，是一款同时拥有陆地策略探索和卡片战术战斗特点的新形态回合制战略游戏，其全3D的画面表现也相当出色，设计巧妙的战斗引擎也使得该作拥有了战略游戏中难得的战斗爽快感。

当然并不是所有的战略游戏都要有庞大的舰队或者大批的虚构神话怪兽，Microprose的《幽浮：地球防卫武力》（X-Com: UFO Defense）就是讲述单个的人与外星人对抗的故事。这是一种十分流行的方式，在其续作《深海出击》（Terror from the Deep）和《启示录》（Apocalypse）中这种战术方式得以改进。"幽浮"当然不是唯一强调近距离短兵相接的战略战术游戏，1994年《铁血联盟》（Jagged Alliance）就是又一款战略游戏的创新之作，这款游戏讲述雇佣兵与疯狂独裁者间的对抗故事，并以回合制战术的方式进行。游戏获得了小规模的成功，并在99年推出了一款续作。Red Storm也紧随其后的推出了风格类似的《暗影部队》（Shadow Watch）。2001年，Interplay也将其旗下人气RPG《辐射》（Fallout）进行改编，而推出了一款《辐射：战术版》。

回合制的战争游戏在90年代也不甘寂寞，其中SSI就有《冲突：朝鲜》、《太平洋战争》、《TANKS!: Wargame Construction Set II》以及《Rifles: Wargame Construction Set III》等，SSG方面则由《二战航母》、《Ardennes Offensive》等，另外还有Interactive Magic的《大战争》，Impressions的《前线》等。这些游戏整体水平基本令人满意，销售成绩也算不过不失。

Talonsoft在九十年代的战争游戏中扮演着十分重要的地位，折价公司是由前Avalon Hiller的Jim Rose创办的。在九十年代中后期，Talonsoft制作了一大批的回合制战争游戏。其中首款游戏就是1995年由John Tiller设计的《战地：阿登》（Battleground: Ardennes），其后便一发不可收拾，相继发售了多款"战地"的相关游戏，题材包括美国内战、欧洲的拿破仑时代等，2001年反映以色列战争的《Divided Ground》之后才停止了"战地"系列的开发计划。

九十年代最著名的战争游戏当数SSI的《装甲元帅》（Panzer General），这款于94年发售的作品让战争游戏再度焕发了活力。游戏操作界面非常出色，游戏中的单位可以从一个任务带往另外一个任务，画面上也相当漂亮。作为史上最畅销的战争游戏，《装甲元帅》理所当然的拥有几款续作，分别有：《太平洋元帅》、《星际元帅》、《幻想元帅》、《盟军元帅》以及《装甲元帅II》、《装甲元帅3D》。

在九十年代的最后几年里，战争游戏的销量开始下滑。不过仍然有几家公司通过互联网直销的方式保持着这种游戏类型的活力。其中包括Shrapnel的《战斗指挥官2》、小组战术级的回合制战略游戏《末日军团》等。HPS Simulation也发布了一些John Tiller的游戏如《装甲战争-Smolensk》以及《诺曼底'44》，还有2001年的续作《重返越南之突击队》。2000年Battlefront.com发售了一款或许可以称为10年来最具创新性的游戏《战斗任务：远方霸王》（Combat Mission: Beyond Overlord）。游戏采用标准回合制的决策指令，在命令阶段时间无限玩家可以下达尽可能详尽的战略命令，其后就是60秒的命令执行时间。这就使游戏在保留回合制战略游戏策略性的同时又有了RTS游戏那种紧张刺激的感觉。游戏虽然仅在网络上进行营销，不过销量却是十分出色。